智能马桶盖的清洗功能可取代卫生纸，可以消除细菌、真菌。采用多种清洗方式的智能马桶盖，能有效清除污垢。活动喷头前后可满足男女不同的清洗需要。智能马桶盖的温水清洗和暖风烘干，可以促进血液循环，预防痔疮等。
智能马桶盖大多采用不锈钢喷头，每次使用后，喷头都会喷出水流来去除污垢。目前，许多智能马桶盖也具有除臭功能，其原理是使用内置的活性炭等来消除异味。此外，长时间不使用时，马桶盖会自动降低坐环和水温，节省能耗。
在天冷的时候，马桶座圈的冷触会让人战栗，而智能马桶盖的坐环可以自动加热到人体适当的温度。许多品牌还推出了温控环，配备了不同的温度档位，根据个人喜好或地区和天气进行调整，不再需要害怕去厕所的寒冷感觉。
